أُسس المجلس الإسلامي اليهودي لتلبية الحاجة إلى التصدي للاضطهاد والتضليل الإعلامي والاعتداءات والعنف بحق من يمارسون شعائر دينهم وهو يجمع بين جهات فاعلة من المجتمَعين الإسلامي واليهودي في أوروبا -بتمثيل متساوٍ في المجلس- لمجابهة تصاعد رُهاب الإسلام ومعاداة السامية وتقديم المشورة بشأن السياسات المتعلقة بحرية الدين والمعتقد، ويرمي المجلس أيضًا إلى تحسين العلاقات بين المجتمعات الأوروبية الإسلامية واليهودية وإعلاء أصواتها عندما تطلق حملات تدعو صانعي السياسات الأوروبيين إلى احترام حقوق المكونات المجتمعية كلها.
وقد رأى كايسيد -بوصفه المنظمة الحكومية الدولية الوحيدة التي لها مُهمة فريدة لتعزيز الحوار بين أتباع الأديان- في المجلس فرصة نادرة لسد فجوة مهمة في العلاقات بين المجتمعات الدينية في أوروبا، وقدم المركز دعمه للمجلس وبنى قدراته منذ خطواته الأولى في عام 2015.
وانطلاقًا من المجلس، الذي أُسس رسميًّا في عام 2018 بصفته منظمة غير حكومية مقرها النمسا، تعمل القيادات الإسلامية واليهودية معًا بغية بناء مجتمعات قوية وصون الحرية الدينية والتعددية في أوروبا.