وُلدت فاطمة الخوئي في العراق لأبوين إيرانيين. وغادرت البلاد في سن السابعة عندما قتل نظام البعث والدها. وانتقلت عائلتها إلى إيران حيث درست وتخرجت في مجال أديان العالم والتصوف. وقد سافرت إلى لندن ودرست علم نفس الدين في جامعة لندن للحصول على درجة الماجستير. وسوف تتقدم للحصول على درجة الدكتوراه في علوم الشريعة الشيعية من جامعة طهران. وقد تلقت أول تدريباتها الرسمية في مجال السلام والحوار في مركز كايسيد على الرغم من أنها حضرت العديد من المؤتمرات حول العالم في هذا المجال. وهي تتحدث الإنجليزية والعربية والفارسية بطلاقة. ولديها شغف كبير في الاحتفاء بالهوية الإنسانية كونها هوية جامعة وتسعى جاهدة للوصول إلى هذه الغاية.